討論部分一直是是醫學論文的重要組成部分，作者應圍繞主題有針對性地進行討論，避免將宂長的文字進行堆砌。討論要以研究得出的結果為依據，作者既不要怯於下結論，也不可妄下結論。同時，論文的討論部分要求我們做到實事求是，以論文得出的結果為主做出進一步的討論，但不可脱離論文的內容。
國際醫學期刊編輯委員會發布的《向生物醫學期刊投稿的統一要求》中對討論部分的書寫作了統一的要求，其主要可歸納為以下5點：
1、應強調研究獲得的新的重要結果和結論，而不要去重複引言和結果部分的內容;
2、應説明研究的價值和存在的侷限性，如有其他相關研究應闡述其間的關聯;
3、要與研究的目的結合起來進行討論，要避免去妄下研究結果不支持的結論;
4、除非的確做了經濟學分析，否則一般不應下成本、效益方面的結論;
5、要避免強調和暗示那些尚未完成的工作的重要性，當然如果你有把握可以提出新的假設和建議。
那麼在作者撰寫論文討論的部分的時候，應該如何避免出現以下問題?
一、妄下結論
一些年輕的作者，比較容易去人為地誇大研究的理論或實用價值。經常有人總愛用“首次發現”、“沒有報道”這類的字眼，目的無非是想去證明自己的研究是很前沿的或是很有價值的，自己應該受到應有的尊重和相應的待遇。即便自己所撰寫的內容是改領域首次發現的內容，使用這類詞彙也只會讓讀者覺得是在標榜自己給人以一種浮誇的感覺。還有些作者喜歡下這樣的結論，就是讓人從其論文中找不到依據的結論。試想如果沒有相應的結果支持，結論從何而來?如果有把握，提出一些假設和設想是可以的，但要言之有據切忌空談。
其實，研究是不是第一，是不是很有價值，讀者心裏有桿秤，事實也終會證明，作者沒有必要大肆標榜。作者應以結果為依據，根據結果下適當的結論。即便真的是很有意義的開拓性研究，也只需客觀、適當評價即可。好與壞、是與非，後人自有公論。真正的重大發現和發明，是不會被埋沒的.。
二、討論不繫統
有些作者對研究所反映的問題討論得不夠系統、完整，導致論文分割。所謂論文分割，主要指以下兩種情況：
作者在討論時不引用或沒有系統引用相關文獻。發生這種情況的主要原因為：作者沒有意識到查找和引用相關文獻的必要性;作者因條件所限，無法查到和查全相關文獻;少數作者故意不引用相關文獻，以突顯自己研究的“新穎”和“價值”;有些醫學期刊有意讓作者壓縮篇幅，致使作者不能引用很多文獻。
作者雖引用了相關文獻，但沒有結合自身的研究討論，也就是説，作者雖查到並引用了相關文獻，但沒有把以前的結果和自己的結果融合在一起討論。這樣的文獻只會讓讀者覺得可有可無，甚至會有一定的錯誤引導。
這兩種論文分割的結果都一樣，就是使讀者看完論文後，仍對該研究缺乏系統、完整、深入地瞭解和理解。作者應盡力避免。
三、與引言、結果部分重複
有些作者在討論部分，仍喜歡強調引言部分已經明確的研究目的，並引用結果部分已經列出的具體數據，使討論和引言、結果部分內容重複。
這種做法既浪費篇幅，又容易使讀者產生繁複之感。實際上，討論是根據研究的目的和結果所做的總結性、提示性陳述，主要是對研究所反映的問題進行分析和評價。文中已經有的，就不必再簡單重複。
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