隨着IT技術和網絡技術的發展應用，電算化會計信息系統環境下的內部控制面臨新的問題和挑戰。如何應對挑戰，財政部2001年發佈的《內部會計控制規範――基本規範(試行))第二十六條中對此作了明確規定，“電子信息技術控制要求運用電子信息技術手段建立內部會計控制系統，減少和消除人為操縱因素，確保內部會計控制的有效實施。
一、電算化會計信息系統中建立內部控制制度的必要性
(一)手工記賬系統的會計數據是用可視的文字、符號直接記錄在紙上的`，這種記賬方式有較好的直觀性，甚至筆跡也可以成為控制的手段。採用計算機集中地對數據進行處理後，由人工形成並掌握的信息便越來越少。當會計數據以肉眼無法識別的形式存儲在磁盤上，人的判斷作用便降低了。同時，由於計算機系統的透明度較高，因此，對數據的安全性、保密性進行的控制就變得尤為重要。
(二)計算機對會計數據的處理是在一個封閉的系統中進行的，其中有許多的處理過程對會計人員來説是“暗箱”，會計人員無法直接參與和控制，會計數據處理的準確性完全取決於應用程序和硬件的可靠程度，因而電算化會計系統必須建立起在計算機處理方式下特殊的內部控制。
(三)在手工記賬方式下，會計核算的質量取決於會計人員的業務水平、工作態度及對有關會計法規的理解程度和執行效果。財務部門經過長期的實踐已積累了大量的經驗，建立起了一整套的管理制度。實現會計電算化後，許多傳統的控制方式失去了存在的基礎，必須有新的方式取代它。會計工作的質量除受原有因素的影響外，還將取決於計算機系統的可靠性和會計人員自身對新系統的操作管理水平。在這種舊的數據處理方式未被完全取代而新的方式尚未成熟的時期，會計信息失真的風險比以往任何時候都加大了。為了順利地渡過這一時期，減少轉換風險對會計信息的威脅，電算化會計系統更應當建立起一套新的管理控制制度。
二、電算化會計信息系統環境下內部控制的主要內容
電算化會計信息系統的一般控制。一般控制是指任何電算化會計信息系統普遍適用、為系統的安全可靠而對系統構成要素(人、硬件、軟件)及環境實施的控制。
組織與管理控制是指通過部門的設置、人員的分工、崗位職責的制定、權限的劃分等形式進行的控制，其基本目標是建立恰當的組織機構和職責分工制度，以達到相互牽制、相互制約、防止或減少錯弊發生的目的。加強對財務會計電子信息系統開發與維護、數據輸入與輸出、文件儲存與保管、網絡安全等方面的控制。
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