在我國，知識產權的保護是通過行政手段與司法手段共同運作來實現的。由於二者之間缺乏必要的職能範圍上的銜接，因此責任機構的雙重性並未在此基礎上形成協同合作的處理機制。這樣一來，當行政機構和司法機構面對同一知識產權案件的受理時，就會各自依照本機構的保護標準進行審定，從而導致兩個機構的處理結果不一致的情形出現。這一衝突不但對國家機構的權威性造成不利影響，同時也削弱了對知識產權犯罪的打擊力度。因此，為了給知識產權提供良好的保護環境，必須對知識產權方面的執法標準進行規範，解決機構間的衝突。
一、知識產權行政保護與司法保護衝突的表現
（一）直接衝突
一旦發生了知識產權犯罪行為，帶來的後果很有可能從直接受害人波及到整個公共秩序，從而對社會利益構成威脅。對於直接受害人來説，一般會選擇依靠司法解決或行政處理兩種維權途徑；但對於公共秩序的擾亂，行政機構可直接進行干涉而無需經過案件當事人的申請，只需依照自身權利職責即可對違法行為給予相應的行政處罰。這樣一來，司法機構與行政機構對案件得出的結論就不可避免地會發生分歧，但又在法律效力上難分高低，由此便產生了在知識產權的保護中行政保護與司法保護的直接衝突。
1.私權保護中的直接衝突
這種類型的衝突主要發生在《專利法》和《商標法》中涉及到的相關違法行為的處理當中，具體可分三種情況：
第一種：當侵權行為發生以後，案件當事人以《專利法》或《商標法》為法律依據，首先向行政機構提出介入處理申請，而行政機構對侵權行為的發生不予認可。這時案件當事人並未繼續發起行政訴訟，而是轉向人民法院提出民事訴訟申請。法院會針對侵權案件展開全面調查，並很可能在審查後作出侵權行為成立的審判結果，這樣就與行政機構的審定結果出現矛盾，引起直接衝突。
第二種：《專利法》和《商標法》中明確規定一旦侵權行為的構成通過了行政機構認定，可先就賠償金額進行調解，若調解不成，當事人還可就賠償金額問題根據民事訴訟法向人民法院提出民事訴訟。但法院會對整個案件進行重新審理，並可能在審理之後認定侵權行為不成立，同樣與行政機構產生了直接衝突。
第三種：行政機構與司法機構處於不同的地方管轄範圍內，對同一案件進行各自獨立的審理並得出相應結論，很可能發生雙方審判結果互相矛盾的情況。
2.公共利益保護中的衝突
由於知識產權具有一定的公益價值，因此有些知識產權犯罪行為會對消費者的行為產生誤導，對正常有序的市場運行構成了危害，給知識產權管理帶來破壞。正是因為此類行為同時構成了民事侵權和行政違法，因此侵權責任人應接受民事與行政的雙重製裁。其中，法院針對受害人的申請開展民事處理，而行政機構則從國家角度對危害公共秩序的違法行徑進行行政處理。二者的工作程序在職能定位與處理目標上完全不同，且極有可能在最終審理判決中無法取得共識，從而引起行政保護與司法保護的直接衝突。
（二）間接衝突
1.知識產權侵權與確權之間的衝突
無論是商標權，還是專利權，都是在通過行政審查之後生效的。法律對不具備授權資格的專利或商標權專門設置了確權程序，用來維護公眾的總體利益，為知識產權法律的嚴格執行提供保障[3]。在實際案例中，多數知識產權中的確權糾紛本是由知識產權犯罪的民事糾紛引起的，這樣就使民事糾紛與行政確權活動產生了交疊。儘管表面看來，司法機構和行政機構都是在自身職權範圍之內對於案件的不同側面做出回饋，彼此之間互不干涉。但從本質上説，法院在進行民事裁決時往往會參考知識產權效力的預判，由於知識產權已屬於公眾範疇，因此法院可能宣判不構成侵權，與行政機構產生間接衝突。
2.知識產權犯罪移送中的衝突
由於知識產權的保護具有一定特殊性，許多實際案例中往往由知識產權行政管理部門代為查處，而對於一些情節嚴重已構成犯罪者，本應將其移交至公安部門或檢察院進行處理但卻未能或無法移交，使得本應受到刑事制裁的犯罪行為受到了相對寬容的處理，行政與司法的無形衝突因此產生。
二、知識產權行政保護與司法保護衝突的協調
（一）完善知識產權行政與司法保護銜接機制
1.加強執法銜接和協作
由於知識產權案件中往往會涉及到不止一個部門，為了統一各部門間的判斷標準，就必須在強化行政機構與司法機構之間的協作方面加大力度，這也是國際上最為普遍的做法。我國目前的知識產權制度體系內，知識產權的衝突通常表現的更為明顯。因此近些年來對行政機構和司法機構間的合作溝通的探索已開始逐漸深化，例如對建立知識產權維權援助中心的方案研究，建立知識產權維權司法救濟或行政救濟的銜接機制的思考等等，從而為更有效地解決知識產權保護的衝突問題提供合理的出路。
2.統一執法標準
在現行的運作機制下，使得行政機構與司法機構分別使用着不同的執法標準，在長期的運轉下已形成彼此互不干涉的執法體系，且兩個體系存在多方面的.差異，可見體系的非單一性必然導致衝突的產生。為了二者能夠共享同一的執法體系，首先要規定出統一的執法標準。執法標準主要包括對法律內容的解讀，事實的確認標準，有效證據的確認標準，執法流程等多方面內容。執法標準的統一在衝突的消除方面意義十分重大。
（二）逐步完善知識產權立法
1.理順行政執法主體多元的問題
我國對知識產權的受理工作是由若干劃分程度較精細的部門分別負責的。這種劃分方式使得各機構的職責範圍十分明確，並使工作進程效率更高、更加方便。但同時，過於分散的組織結構又使得處理問題時產生過多執法主體，從而不利於協調運作。這樣，就在行政機構與司法機構出現衝突的情況下，又另加了行政機構的內部衝突。鑑於這一情況，我國可考慮對其他國家的成功經驗加以借鑑，並以我國的實際國情為基本出發點，積極推進知識產權行政執法職責配置的改革。改革應在保留機構基本設置框架的基礎上，對現有的知識產權執法力量加以整合，從而建立起聯動、高效、全面的知識產權執法團隊，這是當前形勢下對知識產權執法力量優化的最佳出路。
2.設置合適的司法審查模式
《國家知識產權戰略綱要》對司法機構和行政機構在知識產權上的衝突解決方法提出了明確要求。具體可從以下幾方面進行改進：第一，建立知識產權的“三審合一”的司法審查模式。這一模式目前正被許多地方法院探索或試行，在該模式運行下，人民法院與行政機構的執法標準得到了統一，法律的可預見性得以增強，這樣就最大程度地避免了因執法標準不一致而導致的機構間的衝突，從而維護了國家機構的權威。
三、結論
本文通過對知識產權行政保護與司法保護的衝突進行分析，指出了儘快解決衝突的必要性和重要意義。本文對知識產權行政保護與司法保護衝突的表現進行了全面概括和總結，同時，也對知識產權行政保護與司法保護衝突的協調方案進行了探討，強調了加強司法機構與行政機構之間協調合作的重要性。
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