朱希祖1919年任北京大學中國文學系代理主任，教授中國文學史。”五四”前後的北大，”卯字號”的諸位名教授，可謂北大的台柱子。所謂”卯字號”，就是幾個屬兔的大師級人物，兩隻”大兔子”是陳獨秀和朱希祖。四隻”小兔子”分別是胡適、劉半農、劉文典以及林公鐸。其實，陳獨秀和朱希祖是兩隻”中兔”，還有一隻”老兔”蔡元培。
“中兔”朱希祖似乎有點瞧不上”小兔”胡適。胡適初進北大，還是末學新進，對朱希祖很尊重，朱希祖的藏書中有很多是海內孤本、祕本，胡適就經常到朱家來看看藏書，談談版本，請教學問。胡適的《中國哲學史大綱》上冊一出版，引來叫好聲一片，胡適在序言中特別感謝了朱希祖，而朱希祖似乎並不領情，説此書寫得膚淺，還肯定地説，胡適既不懂佛學，也不懂宋明理學，他這本《中國哲學史大綱》是寫不下去的。當然，朱希祖這番話是説給很親密的朋友聽的。但另一位章門弟子黃侃就不同了，在中央大學的課堂上，黃侃公開諷刺胡適的《中國哲學史大綱》只有上半部，沒有下半部：”昔日謝靈運為祕書監，今日胡適可謂著作監矣。”學生不解，問何意。黃侃回答：”監者，太監也。太監，下部沒有了。”引得學生大笑不止。後來胡適的《中國哲學史大綱》勉強出了中冊，下冊果然無疾而終。但這個小插曲，並不影響兩人的交情。
對於學者來説，愛書、讀書、購書、藏書、著書，是其生命中非常重要的生活內容。”不與人物接，不為山海遊。終生伏几案，天地一書囚。”這首帶有自嘲意味的自題，可謂朱希祖為書而奔走一生的寫照。
在內憂外患的年代，戰爭的陰影，始終籠罩在朱希祖那一代學人的頭上。藏書的命運和人的命運一樣，幾經顛沛流離，在飄搖的旅途不知何處可安身。自從1935年開始，朱希祖為他的藏書免遭兵燹而憂心奔走，尋覓安穩的、理想的藏書之所。從朱元曙《酈亭藏書的艱辛與悲涼》一文可知朱希祖為藏書東奔西走的情形：”9月16日開始運書至徽州，暫存徽州師範學校。19日，先生返回南京處理事務，途中遭遇轟炸。20日，連夜抵宣城，督運書籍。10月2日，運書完畢，先生返回徽州。時上海戰事，日趨危急，先生恐徽州亦被波及，乃決計遷屯溪，並由水路運書前往，存三門呈洪宅。後，先生又覺不妥，乃於18日至隆阜，與學生戴伯瑚商議，最後決定將書藏於戴震藏書樓，託戴伯瑚保管。”從朱元曙的記錄來看，我們彷彿看到朱希祖先生冒着敵寇的飛機轟炸，風塵僕僕地穿行於皖南山區，憂心如焚地看護在路上的書籍，多次轉移，直到認為絕對安全為止。
1934年8月13日，朱希祖看報紙得知，日本陸軍省軍務局長永田鐵山在陸軍省被刺死，他在日記中寫道：”永田為穩健派中心人物，激進派恨之入骨，故有是難。日本軍人不服從命令，不守法紀，亦為中日將來之大禍，而吾國華北風雲恐又將為彼激進派所掀動矣。”後來局勢的`發展，正如朱希祖日記中的預料。
正是在中日戰爭的陰雲下，朱希祖朱偰父子，開始對南京六朝陵墓進行調查。為何要調查六朝古墓？”杜外人之覬覦，揚先哲之耿光”。維繫着中國文化的六朝遺蹟、石刻等，卻湮沒在荒草之中，無人問津。”愛國之情”加上”亡國之痛”，促使朱希祖、朱偰父子挑起調查六朝古墓的大梁。
抗戰爆發，避地巴山，客居重慶，這是朱希祖生命中的最後時光。日寇對重慶實施了野蠻的轟炸，嚴重危及學者的身體健康和生命安全。1940年5月28日，朱希祖日記六：”上午8時至國史館籌備會辦公，9時半回考選委員會，半途有空襲警報，10時半放緊急警報。敵機九十八架，分三次來襲，北碚、池溪口轟炸最烈，復旦大學在北碚，其教務長孫寒冰死焉，平民死傷二百餘人……”這樣的日子，是抗戰時期客居重慶的知識分子的生活縮影。
1944年7月5日，朱希祖病逝於上海醫學院附屬醫院，享年六十有六。一代史學家朱希祖遽歸道山，”及身未見中原定”，他沒有支撐到山河重光、抗戰勝利的那一天。
朱希祖的喪事”極一時之哀榮”。蔣xx特頒”淵衷碩學”的輓詞。各界贈送輓聯三百餘幅，學界名流及官員出席者三百餘人，這在抗戰時期的重慶，實屬罕見。國民政府頒發《褒揚朱逖先先生令》，贊其”生平專研歷史，旁搜遠紹，考證精勤。著述流傳，成就甚偉”。（節選自《名人傳記》，有刪改）
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